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El tratamiento de erradicación de la bacteriana no conlleva una mejoría significativa inmediatamente por lo cual no debes suspender el tratamiento antibiótico pautado, posterior al mismo deberás continuar con el protector gástrico para disminuir la inflamación del estomago. Si pasado dos meses (y con la verificación de haber erradicado a la bacteria) persistes con síntomas sera necesario que consultes con tu gastroenterólogo de cabecera para que determine modificar el tratamiento o mayores estudios. Muchos de los síntomas que comentas parecieran ser mas de colon irritable por lo cual te recomiendo buscar "Dieta Fodmap" en Internet y seguir las recomendaciones nutricionales.