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Comprendo la situación, realmente es bastante inusual que al tener relaciones sexuales tuviera a la penetración contacto con el útero, lo más probable es que cuando esté teniendo relaciones sexuales el pene roza el canal vaginal lo cual puede estar causando el dolor, lo más adecuado es que utilice un lubricante a base de agua para que la penetración se vea facilitada, si este malestar continúa debe acudir con su médico de cabecera para una revisión.
Espero le sea de ayuda y no olvide calificar.