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La cistitis intersticial es un diagnostico de descarte, es decir, inicialmente se deben descartar patologías mas comunes y que tienen una presentación clínica similar como: Infección urinaria de origen bacteriano, tuberculosis de vejiga, cálculos o tumores vesicales. Una vez descartados, la confirmación diagnostica se realiza por medio de la cistoscopía (introducir una cámara a través de la uretra, para visualizar las paredes vesicales) y biopsia vesical.

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