Debes estar tranquila. Los manchados intermenstruales pueden ser un efecto totalmente normal de los anticonceptivos hormonales así como también pueden ser secundarios a una infección vaginal. El embarazo no es de ninguna manera una posibilidad por las prácticas que describes por lo que no existe necesidad de pruebas de embarazo o ecografías ya que no tienen justificación alguna.
Te recomiendo asesoría profesional ya que aunque hayas pasado por un evento traumático el tipo de relaciones que vienes realizando demuestras alteraciones de la conducta sexual que ameritan revisión. Así mismo, el peso ganado parece ser adecuado para tu edad así que no existe problema con ello.