Si, siempre habrá riesgo de embarazo, pues todos los métodos anticonceptivos disminuyen el riesgo de embarazo, más no aseguran una efectividad del 100 por ciento. En el caso del implante subdérmico que es el que usted usa, la efectividad es extremadamente alta, cercana al 99 por ciento, eso asociado al hecho de que siempre usa condón implica que en su caso el riesgo de embarazo es extremadamente bajo.
Como usted menciona el uso del implante subdérmico puede generar alteraciones e irregularidad en los ciclos menstruales, incluso hay mujeres que pueden no menstruar de forma ocasional.
Considero que en su caso el riesgo de embarazo es prácticamente nulo. Si persiste con la sospecha del embarazo debería hacerse una prueba de sangre al pasar 10 días después de la relación sexual.