¿Con qué puedo limpiar mis pulmones? Tuve una neumonía hace 2 años y aún me molesta el pulmón al respirar profundo.

No hay una forma de "limpiar" lo pulmones como usted lo llama, las neumonías son infecciones por microorganismos del tejido pulmonar y dependiendo del tipo de agente infectante el tratamiento se hace con los medicamentos adecuados y esa es la manera de erradicar la infección neumónica.
Si la neumonía fue hace 2 años, los síntomas que usted refiere ahora no deben ser causa de aquella neumonía (ha pasado mucho tiempo). Debe ser algo nuevo así que es importante que acuda a consulta médica presencial.