Desde hace un par de dias me empezo a doler el pene, ¿podra deberse a que hace 2 semanas inicie a tomar l-arginina?

No, no creo que tenga que ver con la arginina.

La arginina no presenta ningún efecto o problema en los genitales, por lo que es imposible que este causando algún tipo de dolor. Muy posiblemente se trata a otra condición médica, y en caso que este dolor persista debes asistir con tu médico para pensar en las otras opciones.

Espero haberte ayudado y estaré atento si tienes más dudas para poder orientarte.