Esto podría causarme algo malo a la larga?

Si, si podría provocarlo. Debes saber que esto podría tratarse de una infección urinaria, ya que uno de los signos que orientan a la presencia de una infección del tracto urinario es precisamente, la sensación de ardor y molestia al orinar. Sin embargo, por lo general puede ir acompañado de otros signos y síntomas como: 

• Orina de aspecto turbio
• Presencia de sangre en orina
• Orina con olor fuerte
• Dolor pélvico bajo o suprapubico, sobre todo en mujeres.
• Deseo continuo, doloroso e ineficaz de orinar (tenesmo vesical). 

Incluso en algunos casos puede llegar a cursar con fiebre, escalofríos, dolor en la fosa lumbar y nauseas, lo que por lo general indica que la infección ascendió hasta alcanzar los riñones; Si presentas alguno de estos últimos te recomiendo acudir al servicio de urgencias mas cercano. En caso contrario te recomiendo realizar un uroanalisis (examen de orina) y acudir a consulta con tu medico general para confirmar o descartar la presencia de infección urinaria, y en caso de ser necesario instaurar un tratamiento adecuado. Espero haberte ayudado, estaremos atentos a cualquier otra inquietud.