Tengo dos días de atraso de mi periodo y esos dos días solo he manchado un poco café y solo al limpiarme, puedo estar embarazada ?

Es probable que no estés embarazada.

Según lo que tú describes, cuentas con un método de planificación confiable por más de un año, el cual usas de forma regular y sin falta, esto hace que las probabilidades de embarazo sean casi nulas, por el momento yo te recomiendo relajarte, en ocasiones puede haber algunos cambios en el ciclo menstrual sin que exista un embarazo.

Si por alguna razón el retraso es mayor a una semana, deberías hacerte una prueba de embarazo y así estás más segura.

Espero haberte ayudado y estaré atento si tienes más dudas para poder orientarte.