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La pectina sirven para que la industria farmacéutica pueda estabilizar componentes de medicamentos para que su absorción se de después de su paso por el estómago y no sean afectados por el ácido que allí degrada los alimentos. Su origen natural y sus características permite que la pectina se use para generar barreras protectoras por lo que se usa actualmente en el desarrollo de medicamentos cuyo lugar de acción es el colón. Por otro lado, la degradación de la pectina en el tracto gastro intestinal favorece a que se formen otras sustancias (llamadas amino ácidos de cadena corta ) que ejercen un efecto protector frente a desórdenes intestinales agudos y crónicos; como colón irritable, cáncer intestinal específicamebte en colón, diarreas persistentes, enfermedad de Crohn y gastroenteritis.

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