me duele la rodilla por correr 3 kilómetros

Puede que solo se trate de un desgaste articular por la distancia que corriste o que no hayas calentado bien y verdaderamente te hayas lesionado. La recomendación en este momento es que tomes antiinflamatorios y relajantes musculares. Puedes utilizar medidas físicas como frío y calor o gelés antiinflamatorios sobre la articulación. Si en unos días está medida no funciona, lo ideal sería que acudas con un médico general para que te evalúe de forma integral y puedas mejorar, en vez de empeorar.