¿Existe alguna contraindicación si al tiempo que estoy tomando Sertralina tomo proteína y quemadores de grasa para acompañar el trabajo del gimnasio?

No. Las contraindicaciones de la Sertralina -un fármaco usado principalmente como antidepresivo- son su ingesta con otros medicamentos o con ciertas condiciones médicas específicas.
Cabe mencionar que cuando come carne o bebe leche, está consumiendo proteínas, por lo que consumirla en cápsula o polvo no tendrá un efecto distinto: simplemente cambiará la dosis.
En cuanto a los llamados "quemadores" de grasa, lo que buscan es acelerar el metabolismo.
En lo personal no los recomendaría debido a que existen múltiples presentaciones cuyo contenido ha demostrado ser fraudulento y muchas veces, cuando su venta es directa en los gimnasios, ni siquiera mencionan qué productos los componen.
Lo ideal sería acudir a un servicio de nutrición o dietista para obtener naturalmente los nutrimentos que su cuerpo necesita de acuerdo al ejercicio que quiera desarrollar.