Tengo muchas dudas o más bien me gustaría saber por qué en mi prueba HGC aparece negativo 0.0 en valores de referencia y el resultado de la cuantificación es de 40.969.

Ese valor de referencia de 0 quiere decir que si el valor del resultado es 0, entonces es un resultado negativo y no estaría embarazada. Pero como el resultado es mucho mayor de 0, entonces el resultado es positivo y significa que está en embarazo.