¿Qué puede ser el tener mucho dolor de garganta, dolor en el pecho al toser, a pesar de tener poca flema? 

la faringitis y el dolor son normales cuando se presenta tos seca, es parte del proceso inflamatorio causado en la via aerea por el reflejo de tos, lo que debes hacer es controlar la tos lo mejor posible y eso debe ayudar bastante, puede usar jarabes o incluso terpia respiratoria para ese fin.