Después de que me colocaron la segunda inyección anticonceptiva tuve relaciones eso disminuye la efectividad de la inyección

No, no la disminuye, pues, para mantenerte protegida, lo importante es que la apliques cada 30 días, tengas o no el período. Es posible aplicarla desde 3 días antes, hasta 3 días después del día indicado.  

El anticonceptivo inyectable presenta una efectividad muy alta (94%), por lo que puedes estar tranquila, sin embargo, debes tener en cuenta que ningún método anticonceptivo es 100% efectivo, por lo que te recomiendo utilizar preservativo, como método de respaldo, en tus relaciones sexuales, así evitarás embarazos no deseados y enfermedades de transmisión sexual. Recuerda que la anticoncepción dual (dos métodos), es más efectiva. 

Espero haberte orientado. Si tienes más preguntas, no dudes en escribirnos. No olvides calificarnos.