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Dado que posterior a la toma del anticonceptivo de emergencia presentaste tu periodo normal y además hiciste uso de un anticonceptivo de emergencia en las primeras 72 horas luego de la relación sexual, considero que las probabilidades de embarazo son bajas (aunque la única forma de descartarlo realmente es con una prueba).
Por otro lado, los anticonceptivos hormonales orales (pastillas) pueden producir varios efectos adversos cómo dolor pélvico, dolor abdominal, dolor en el pecho, aumento de la pigmentación de la piel, náuseas y vomito, irregularidades del ciclo menstrual, irritabilidad, entre otros.
Por lo que considero que lo más probable es que tus síntomas estén siendo causados por el medicamento, pero si éstos síntomas se vuelven muy molestos para ti, debes consultar con tu médico para que evalúe si requieres cambio del método por uno que toleres mejor o si existe alguna otra causa.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.