¿Si tenía que empezar la tercera caja de Facetix el martes y la empecé el miércoles; debo esperar algunos días para poder tener relaciones? 

No, sólo tomar la pastilla correspondiente cada día aproximadamente a la misma hora (ojalá a la misma siempre) y eso hará que se tenga protección adecuada, luego de tomar la primera caja completa y si se sigue el consumo regular de las mismas, se tendrá adecuada protección.