Tengo sífilis secundaria, me mandaron 3 dosis con penicilina cada semana. ¿Está bien el tratamiento?, ¿Al cabo de cuánto tiempo puedo volver a tener relaciones?

Sí, la dosis es adecuada. Lo más recomendable es que su pareja también reciba tratamiento y cuando lo terminen y se realicen los paraclínicos que confirmen que la infección fue tratada, en ese momento pueden volver a tener relaciones sexuales.
Recuerde que la única manera de evitar infecciones de transmisión sexual es usando el preservativo.