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Comprendo su duda, estos medicamentos son muy similares ya que son de la misma familia ya que actúan sobre el mismo receptor (inhibidores de la bomba de protones) por lo que tienen una eficacia sumamente parecida, sin embargo el pantoprazol es un medicamento mas moderno que el omeprazol ya que es denominado profármaco esto significa que esta diseñado para que tenga una mejor absorción a nivel gastrointestinal por lo cual podría tener un mayor efecto benéfico para usted, en tanto que 40 mg de pantoprazol equivalen a 20 mg de omeprazol.
Espero le sea de ayuda y no olvide calificar.