He hecho una prueba de embarazo 12 semanas después de la relación. El negativo es fiable?

Sí es confiable. Las pruebas de embarazo en orina son sensibles incluso a los 15 días (2 semanas) de la fecha de ultima regla. A las 12 semanas también hay otros métodos para descartar el embarazo como son un ultrasonido, que también puede ayudar para determinar si no hay otros problemas por lo que la regla este ausente o sea irregular. Espero que esta información le sea útil quedando a su disposición por si tiene más dudas.