Popo con manchitas negras puede ser debido a que se están eliminando bacterias muertas después de haber terminado un tratamiento antibiótico?

No, la eliminación de bacterias no genera coloración negra en las heces fecales. Generalmente las heces de color negro (melena), se da por presencia de sangre digerida, proveniente de las vías digestivas altas (esófago, estómago), para determinar la causa precisa del posible sangrado, te recomiendo que acudas a la consulta médica, para que dialogues con tu medico la situación y puedas realizarte estudios que orienten a saber cuál es la causa del color de tus heces.

Espero haberte orientado, si tienes una nueva inquietud, estaré atento a responderte. Gracias por confiar en 1DOC3, te invito a que califiques la respuesta si te ha parecido útil.