tuve relaciones sexuales el segundo dia de mi menstruación que fue abundante y con cuagulos y al dia siguiente ya no tenia mi menstruacion pero el dia de hoy vo...(ver más)

Esto puede suceder por varias razones si tuviste relaciones sexuales durante la menstruación:

• Cuándo se tiene relaciones sexuales, tu cuerpo empieza a secretar hormonas y entre ellas se encuentra la oxitocina, estas hormonas causan la excitación, retención de flujo sanguíneo, hay lubricación y causan que el útero tenga contracciones, todas estas acciones llevan a que el sangrado pare. Muchas mujeres pueden notar que la menstruación desapareció pero horas después presentar manchaditos o sangrados leves. En tu caso desapareció.
• Otra razón, es que durante la relaciones sexuales es que probablemente con el propio flujo, sobre todo si la cantidad de este es abundante, se cree un tapón en el cuello del útero que dificulte o imposibilite la salida de la regla temporalmente. 
• Otra razón, es que ya te encontrabas en los últimos días de tu sangrado, si es posible menstruar solo 2 días y es normal, se considera normal un sangrado de 2 a 7 días de duración.

Recuerda que la pastilla anticonceptiva de emergencia no es un método de planificación familiar, porque como has mencionado puede causar alteraciones hormonales causando un descontrol menstrual y esto causar dificultad para el embarazo, si deseas un embarazo es necesario que acudas con tu médico para que pueda realizarte una adecuada revisión y así el pueda valorar si te encuentras en condiciones saludables y adecuadas para un embarazo, y si llegará a encontrar una alteración poder tratarla para poder tener un embarazo saludable, se ha comprobado que tener un control prenatal antes de un embarazo predispone a un buen control de un embarazo sano, además se ha observado que el uso de multivitaminicos a base de ácido fólico, hierro y complejo b por parte del hombre y la mujer puede predisponer a un adecuado crecimiento y desarrollo fetal.

Si tienes más dudas es necesario que vuelvas a formular otra pregunta, estaré al pendiente de tus dudas.