¿Por qué habiendo menstruado y utilizado condón pienso que estoy embarazada? Mi novio dijo que tengo que tranquilizarme, que no pasa nada, que no estoy embarazada.

Claro, lo más probable es que no esté en embarazo. Lo que debe hacer es tranquilizarse, si usted sigue teniendo relaciones sexuales por supuesto que la recomendación es que planifique con un método hormonal y además use el condón para doble protección y así evitar este tipo de sustos.
Si usted cree que la situación está afectando su vida personal o profesional, lo aconsejable es acudir a psicología.