Si tengo relaciones sexuales a la 1 de la madrugada y la pastilla anticonceptiva la tomé a las 2 a.m. (la hora de toma era las 11 p.m.), ¿esta sigue haciendo efecto?

Sí, las pastillas siguen funcionando sin problema. Así que no debe existir riesgo de embarazo. La diferencia horaria no fue demasiada tampoco como para afectar su efecto de protección.