Me he realizado 2 pruebas de embarazo cualitativas en sangre una a los 26 días de la relación y otra a los 40, ambas negativas ¿puedo descartar el embarazo?

Si, si se descarta el embarazo con la pruebas que has realizado, si es posible que aún por efecto del anticonceptivo de emergencia presentes alteraciones menstruales, pues el anticonceptivo de emergencia contiene altas cantidades de hormonas que causan un descontrol hormonal.

Recuerda que la pastilla anticonceptiva de emergencia no es un método de planificación familiar por lo tanto debe solo utilizarse cuando realmente se requiera, se debe limitar a 3 veces al año porque puede causar alteraciones hormonales.

Si tienes más dudas es necesario que vuelvas a formular otra pregunta, estaré al pendiente de tus dudas.