Puedo realizarme estos examenes, el vhs-2, la serologia y la citologia si estoy tomando aciclovir, no afectará en los resultados

No, tranquilo, este medicamento no va a afectar los resultados de estos examenes ya que este medicamento se suele dar para manejar algunos virus como el herpes virus. Por otro lado la serologia va a mirar infecion por sifilis, el Vih por el virus del mismo nombre y la citologia la presencia de anormalidades en el cuello uterino. Por esto puedes hacertelos sin ningun inconveniente. 

De igual forma te recomiendo valorar con resultados de acuerdo al contexto clínico por el que pidieron los exámenes.