La principal causa de amenorrea secundaria (ausencia de menstruación en una mujer que previamente tenía ciclos menstruales) es el embarazo. Sin embargo, refieres que no te encuentras en embarazo (asumo que te has realizado pruebas de embarazo, por lo que describes en la pregunta). Por lo tanto, otras causas de amenorrea, además del embarazo, son:

- Algunos medicamentos antipsicóticos
- Algunos medicamentos antidepresivos
- Bajo peso corporal
- Trastornos alimentarios como anorexia y bulimia
- Estrés mental
- Desequilibrio hormonal como el síndrome de ovario poliquístico, alteraciones en la función tiroidea, tumores hipofisarios, falla ovárica prematura, entre otros.
- Alteraciones estructurales como cicatrices uterinas

Dado que las causas son múltiples y el tratamiento irá dirigido a la causa, te recomiendo que consultes con tu médico de cabecera para que se pueda realizar el estudio para tu caso en específico.

Espero la información te sea útil, si tienes alguna otra pregunta, no dudes en escribirnos.