si se tiene una fiebre alta prolongada, eso¿ puede desnaturalizar las enzimas ya que son proteinas? y afectar su funcionamiento?

Digamos que si puede alterar su mecanismo y funcionamiento mas no llegar a desnaturalizaras, descomponerlas o inactivarlas. La temperatura corporal que podemos soportar nunca será suficiente para lograr este cometido. Eso si, la fiebre y la fiebre elevada pueden alterar los procesos metabólicos como tal y por eso tendrá efectos negativos en tu desarrollo y evolución.