No, los medicamentos que has tomado para tú gripa no afectarán tus pastillas anticonceptivas. A través de las flemas tampoco expulsas las pastillas, solo ten cuidado en caso de que vomites o presentes diarrea.
Te recomiendo hidratarte mucho durante el periodo gripal, además del acetaminofen algunos antihistamínicos de venta libre también te pueden ayudar. Evita cambios bruscos de clima. ¡Espero que te mejores pronto!