Quisiera saber por qué tengo una mancha oscura pequeña en la cabeza del pene.

Si la mancha que usted presenta en el pene ha estado siempre ahí, puede ser un lunar simplemente. Pero si apareció repentinamente es necesario determinar la causa y para ello es necesario observar la lesión. Así que sería necesaria una valoración médica presencial.
Con respecto al dolor testicular ocasional, si este es poco intenso puede ser causado por varicocele (varices en el testículo). Para confirmarlo requiere también que lo valore el médico de forma presencial. O podría ser causado sólo por traumas leves.
La diferencia de tamaño de las tetillas puede ser simplemente una variante normal durante su desarrollo, sin que eso tenga ninguna implicación de enfermedad. Pero si es algo de inicio reciente requiere que lo vea un médico. Le recomiendo que consulte con su médico para poder hacer un abordaje adecuado de sus síntomas.