¿Qué puede ser si mi periodo duró dos días y el segundo día tuve manchas pequeñas de color café pero no estoy embarazada? 

No se tiene de qué preocuparse, si la menstruación llegó en las fechas esperadas no hay ningún problema con las manchas de color café, eso quiere decir que parte de la sangre se metabolizó y sale del cuerpo de ese color pero nada más.