¿Por qué me duelen los riñones y los ovarios cuando soy penetrada ya que me dificulta el tener las relaciones sexuales? 

Esto no se debe a dolor en los ovarios ni en los riñones. La relación sexual trae fricción y muy seguramente se está presentando Vaginismo, que es la contracción de las paredes vaginales. Todo esto ocasiona mucho dolor con la penetración, el cual se puede irradiar a otras partes del cuerpo pero que tiene origen en esta localización.