¿Es algo malo que me haya salido en un ultrasonido, un quiste de agua de 4 mm en la glándula tiroides, siendo enferma de Hipotiroidismo? 

Un quiste es una masa llena de líquido que la gran mayoría de veces tiene carácter completamente benigno. No se tendría porque preocupar, además el tamaño es muy pequeño y no va a causar síntomas.