que tan malo es que caliente siempre mi comida en el microondas

No tiene nada malo utilizar el microondas siempre y cuando se sigan un par de consejos:

1. Usar recipientes aptos para ello, que no contengan  Bisfenol (BPA), una sustancia presente en algunos objetos plásticos, que al ser sometidos al calor pueden liberar dicha sustancia y que en grandes cantidades, podría ser nociva para la salud. Puedes identificar los recipientes libres de esta sustancia, verificando que indiquen "libre de BPA".
2. Los plásticos aptos para microondas tienen que indicar que lo son, mediante una leyenda o un símbolo.
3. No sobrecalentar los alimentos.
4. Las piezas muy grandes pueden no tener una cocción completa o uniforme, por ello es aconsejable calentar piezas de pequeño o mediano tamaño.
5. Los alimentos más apropiados son los que tienen un alto contenido en agua, como pescado o verduras.

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