Buenas mi pregunta es que si me inyecte femigyl al tercer día de mi periodo tendrá efectos

Sí, la recomendación médica general es aplicar la primera inyección mensual durante los días con sangrado menstrual, por lo cual, al aplicarla al 3er día de menstruación, de igual forma hará efecto.

Las siguientes inyecciones debes aplicártelas la misma fecha de cada mes y en casos de error u olvido cuentan con un margen de error de máximo 3 días, es decir, puedes aplicarlas 3 días antes o 3 días después de la fecha que corresponde sin alterar su efectividad. 

Ten siempre presente el uso de preservativos, los cuales, además de embarazos protegen de enfermedades de transmisión sexual.

Espero haber aclarado tu duda, ante cualquier nueva inquietud, estaremos atentos. No olvides calificarnos.