¿A qué se debe que cuando pruebo el cítrico del limón toso mucho y me ahogo? 

Quizás se trata sólo de algo coincidencial, lo que puede estar sucediendo es que sencillamente el sabor ácido del limón despierta el reflejo de tos, en cuyo caso lo único que se debe hacer es evitar hacerlo o hacerlo en muy poca cantidad para evitar despertar el reflejo.