Tengo 2 meses que me palpita algo en el estómago y cuando orino me duele.

Si es de contextura delgada la palpitación que está percibiendo puede ser el latido aórtico abdominal, el cual puede ser perceptible en personas delgadas. Un aneurisma aórtico también podría percibirse así y habría que revisarle.
Si está presentando molestias al orinar se debe descartar que no tenga una infección urinaria, que son frecuentes en las mujeres. Acuda a evaluación médica presencial.