Si ya terminé el tratamiento de clamidia y sífilis y estoy defecando verde sin haber comido algo de ese color, ¿quiere decir que tengo algo malo?

El color de la materia fecal puede cambiar por varios factores:
1) Algunos alimentos.
2) Uso de algunos medicamentos (entre ellos los antibióticos).
3) Enfermedades de tipo gastrointestinal o infecciones gastrointestinales por algunas bacterias también.
Habría que revisar en su caso específico qué puede ser la causa del cambio de color en las heces.