La eficacia de la vacuna se ve afectada al ya tener infección por VPH. Es por esa razón que se prefiere que la vacunación sea en mujeres que no han iniciado vida sexual y que no han presentado síntomas de infección. También es importante que sepa que la vacuna solo protege en contra de los serotipos mas comunes y los causantes de cáncer de cuello uterino (6,11, 16,18), lo que significa que puede tener infección por otros que no están incluidos en la vacuna y presentar verrugas genitales.