En términos generales las enfermedades que pueden afectar esta estructura se pueden simplificar así:
- De origen vascular: Infartos isquémicos o hemorragicos o compresión externa por malformaciones vasculares.
- De origen degenerativo - inflamatorio: Esclerosis lateral amiotrofica (ELA), Sarcoidosis, Síndrome de Guillain barre, linfoma primario del sistema nervioso central, Marformaciones de la unión cervico- occipital, entre otros.
- De origen infeccioso: Infección crónica por VIH, Poliomavirus JC.
- De origen traumático: Luxación traumatica de la articulación atlanto - axoidea.
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