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No. son tejidos similares pero no es lo mismo.
Ambas se componen de células cuya función es defender el cuerpo de infecciones o procesos inflamatorios.Es por esto que ante un microorganismo pueden inflamarse y generar dolor como el que refieres. Los ganglios linfáticos se caracterizan por ser cadenas de óvalos localizados en distintas zonas del cuerpo, las cadenas principales se encuentran en cuello, axilas, zona inguinal y tórax. Las amígdalas por su parte se localizan en la parte superior del tracto respiratorio, principalmente en cavidad oral y garganta y su función específica es ayudar a controlar las infecciones que entran por nariz, oído y boca.
Para determinar si son las amígdalas las que se encuentran inflamadas puedes buscar un espejo y abrir tu boca intentando bajar la lengua para visualizarlas a lado y lado de la lengua hacia la parte de atrás, si las ves rojas, más grandes de lo normal y te duele al tragar, es posible que el dolor provenga de allí. Si el dolor lo sientes cuando tocas tu cuello es más posible que sea por ganglios linfáticos inflamados. Sin embargo en las infecciones respiratorias es común que ambos tejidos se inflamen para ayudar a contrarrestar la infección.
Mi sugerencia es que independientemente de cual sea el que se encuentre inflamado, trata de no tocarlos ya que esto hace que el dolor persista.
Espero que haya quedado más clara la diferencia entre ambos tejidos. Cualquier otra duda no olvides contactarnos.