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Es raro que eso suceda.
Un tratamiento para amigdalitis bacteriana que se hace por 7 a 10 días, no debe causar predisposición a generar una Infección De Vías Urinarias, quizás es algo coincidente mas bien, por otro lado, la amoxicilina, tiene una buena penetración en el tracto urinario y mientras estabas usando el antibiótico para tratar el problema de la garganta, al mismo tiempo y de forma indirecta, estabas esterilizando la orina y la uretra, entonces es baja la probabilidad de desarrollar IVU al tiempo.
Espero haber sido de ayuda con su pregunta, a través de mi orientación.
Seguiremos atentos a resolver sus dudas en salud.