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Algunas causas de retraso en el periodo diferentes al embarazo incluyen: alteraciones hormonales, cambios en el ejercicio o la alimentación, estrés, presencia de lesiones tipo quistes por ejemplo en los ovarios, uso de medicamentos incluyendo anticonceptivos, entre otros.
Si ya descartaste que la causa de tu retraso no es un embarazo (debido a que las pruebas han resultado negativas), te sugiero consultar con tu médico ya que en éste caso es necesario realizar otros estudios para documentar la causa y establecer un tratamiento específico.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.