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Alergias
Considero que las probabilidades de embarazo en tu caso son bajas.
No me queda muy claro si la prueba que realizaste fue a los 6 días de la relación sexual, ya que en éste caso el resultado no era confiable aún.
Sin embargo, el preservativo tiene una efectividad anticonceptiva mayor al 99% cuándo se usa de forma adecuada (durante toda la relación sexual) y no se presentan accidentes cómo rupturas ni derrames, así que considero que las probabilidades de embarazo son muy bajas y que tus síntomas no son debidos a un embarazo.
Otras causas de retraso en el periodo incluyen: estrés, cambios en la alimentación, ejercicio, uso de anticonceptivos, infecciones, alteraciones hormonales entre otros.
Si el retraso persiste, te sugiero consultar con tu médico para que te revise y determine si requieres algún tratamiento específico, espero haber podido ayudarte y orientarte.