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Lo que mas puede causar cambios en la coloración de las heces es la dieta, el tipo de alimentos que consume el bebé.
Por ejemplo, una dieta rica en hierro, puede causar coloración negra de las heces, el consumo de algunos tipos de frutas y vegetales igualmente.
En casos mas raros pero potencialmente posibles, sangrados en el colon, por ejemplo por presencia de parásitos, puede cambiar el color de las heces.
Espero haber sido de ayuda con su pregunta, a través de mi orientación.