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Siempre que se tengan relaciones sexuales existe riesgo de embarazo, sin embargo, al usar un método anticonceptivo de forma adecuada (cómo es tu caso) sin retrasos ni olvidos en la administración, las probabilidades disminuyen de forma considerable.
La efectividad de éste tipo de medicamentos es mayor al 99%, lo que significa que las probabilidades de embarazo son muy muy bajas por lo que no considero que tus síntomas estén asociados a embarazo.
Por otro lado, uno de los efectos adversos de éste tipo de medicamentos es la irregularidad del ciclo menstrual, pudiendo dar lugar a sangrados persistentes, retrasos y ausencias del periodo, por lo que el manchado podría estar asociado al anticonceptivo.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.