El riesgo de trombosis producido por la pastilla de emergencia se debe principalmente a que ésta trae una carga hormonal muy alta, la cual puede causar que la sangre se vuelva con mayor tendencia a coagularse y formar trombos. Dichos trombos pueden formarse en cualquier parte del cuerpo, siendo las piernas y los brazos el lugar más frecuente por la conformación de las venas en esas zonas, pero es necesario tener en cuenta dos cosas: el trombo puede formarse en cualquier lado que no sea las piernas, o formarse en las piernas (o brazos) y desprenderse hasta atascarse en un vaso sanguíneo de menor calibre (más pequeño) el cual puede ser un vaso pulmonar y causar un cuadro de dificultad respiratoria severa que requiere atención médica inmediata.